Setelah sukses menginstall CentOS Web Panel dan berhasil login langkah selanjutnya yaitu memaksimalkan fungsi yang ada di CentOS Web Panel agar web site kita dapat terpointing dengan benar dan dapat diakses di browser kita, berikut beberapa cara Setting CentOS Web Panel melalui beberapa tahapan :
1. Mengaktifkan Firewall dan Backup
Untuk membuat Enabled Firewall Klik pada menu CSF Firewall
Kemudian cari dan tekan tombol Firewall Enable dan prosespun berjalan untuk membuat Firewall menjadi aktif atau Enable
Selanjutnya membuat Backup menjadi Enabled, klik pada menu “Backups”
|
Berikan tanda ceklist pada “Enable Backup” kemudian tekan tombol “save” 
2. Rubah Password user “root”
CentOS Web Panel memberikan password default untuk username : “root” dengan password : “admin123” alangkah baiknya kita merubah password default tersebut demi keamanan CentOS Web Panel anda, caranya adalah :
Pada bagian kiri panel anda cari dan klik “Change WebPanel Pwd”
Ketikan Password baru anda pada kotak yang telah disediakan atau anda bisa klik tombol “rondom generator” untuk membuat password baru anda 
cobalah untuk re-Login dengan menggunakan password baru anda,
3. Setting php.ini
Bagi anda yang suka mengupload file ke webnya sendiri, php secara default hanya memberikan batas maksimum upload yaitu sekitar 2 mb saja. hal ini dirasa tidaklah cukup terutama bila anda ingin mengupload database di phpmyadmin.
Pada CentOS Web Panel melakukan perubahan “php.ini” tidak diperlukan lagi SSH konsol seperti Putty untuk mengedit file php.ini tadi, mengapa karena pada CentOS Web Panel sudah disediakan fasilitas “PHP Configuration” anda tinggal klik dan pada posisi layar utama akan keluar settingan php.ini tinggal anda cari dan rubah konten berikut ini :
; Maximum allowed size for uploaded files.
; http://www.php.net/manual/en/ini.core.php#ini.upload-max-filesize
upload_max_filesize = 2M
ganti angka 2 dengan angka berapa yang menjadi kebutuhan anda untuk batas mengupload file. (misal : 10, 20, 30…)
Setelah itu jangan lupa klik tombol “save” pada bagian bawah dan kembalilah ke menu Home untuk mengklik tombol “Restart” apache webserver, agar perubahan yang telah anda lakukan dapat segera di implementasikan oleh server anda.